两者的区别，根本仍在于是否内向性运用意识。体育运动除健美锻炼外，任何项目无一不是外向性运用意识，即精神不是专注于自己的身心活动上，而是注意在运动项目的对象上。由于精神没和自身生命活动紧密结合，就不能发挥意识强化生命力的特殊作用。因此使气功与体育锻炼结果呈现出明显的差别。可从几个方面分述之：
一、就运动形体言：气功着眼于神、意、气的锻炼，强调以意引气，以气引形，形体的运动为神、意、气“服务”，要在“松静”中体会奥妙。体育运动着眼于各种动作的锻炼，精神不是集中在体内，而是集中于形体的动势或器械上，“神”的作用在于集中精力、协调全身以完成一系列动作，精神为形体运动“服务”，各个动作需通过肌肉、肌腱……的紧张(张缩)来体现技巧。
二、就锻炼内容言：气功包括涵养道德、运用意识、调整呼吸、运动形体。而体育运动主要是运动形体。
三、就人体的新陈代谢变化言：体育锻炼要消耗大量的能量，增加体内的新陈代谢，使体内耗氧量剧增。由于体育运动主要是肌肉运动，将体内的化学能转变为机械能(还有一部分变为热能而耗散)，这就需要相应地补充营养，保证休息，以恢复体力。
四、就精神驾驭形体的形成过程言：气功是通过内向性运用意识主动发放意识指令直接统帅形体。体育运动是通过形体运动反射性地引起精神驾驭形体。
因此，体育锻炼是以增高人体能流的出入量来使人体生命旺盛。气功锻炼则不同。练功时一般来说，尤其练功有素者，体内的耗氧量减少，新陈代谢减缓，能量消耗降低。它是通过增强人体生命活动的有序程度，对生命起重新组合(或叫整合)的作用，从而提高人体生命力。
通过现代科学研究已知，不练气功的人，睁眼时脑电波中一般是β波占主导地位，其频率为每秒14—22次；而练气功人则出现α波，频率为每秒8—13次。α波从枕部向前，向额叶方向推移，出现同步化。α波是和谐波，既非抑制，又非兴奋，练气功后就出现这种状态，这表明脑子活动的有序化增强了。脑电波有序程度增强，人体生命活动也就逐步有序化，人的健康水平就提高了。
由于体育锻炼与气功锻炼在体内产生的变化不同，所以结局也不同。据统计，国外著名运动员年过中年后约有一半人的身体状况达不到普通人水平；在国内，大约有三分之一的达不到普通人水平。而练气功的人到老了反而身体更健康，叫“返老还童”。
其次，对人体感触机能的作用不同。气功锻练使人的感触机能敏感，体育锻炼使人增强耐力。通过气功锻炼，体内的气充足了，能使人固有的感知机能如眼、耳、鼻、舌、身的敏感性增强，对身体冷、热、麻、酸、胀、痛等感觉变得敏感，同时还能诱发出人体的“第六感觉”，即透视、看气、遥感、遥测等超常智能。体育锻炼就不同了，由于各种耐受能力的增强，对人体内外感觉能力似乎还迟钝了，更不可能激发出特异功能。
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