根据孩子的生理发育过程可以将亲子瑜伽分为三个阶段：
第一阶段，乳儿时期的亲子瑜伽
这个练习适合零到一岁或者一岁半的乳儿，这段时期的亲子瑜伽练习不仅要适合母亲的产后恢复，而且要活动孩子的所有感官，孩子的身心可以从这种全方位的刺激活动中得到有益的锻炼。
适合这一时期孩子的亲子瑜伽动作主要有按摩、腿部的交叉运动（类似于半莲花的盘腿动作）、束角式的下压及伸展运动、腿部的轻微盘旋运动、腿部的推拉反向用力动作、上下运动的安全抱姿、螺旋式的抱起动作、四肢的转动和伸展运动等等。
在这个过程中父母和孩子要不断地进行眼神的交流，尽管孩子不会说话，但是父母会感觉到自己一直在和孩子聊天，他们会发现孩子做出的反应比平时要快，这与照看孩子的感觉是不一样的，这是一种给予和获得的感觉，它有很好的互动性，另外这种练习会让没有相关经验的父母敢于在没有危险的情况下以一种大胆的方式照顾孩子。同时这个练习对宝宝们来说益处多多，能增强他们的消化系统的功能，让他们内脏器官的运动更有规律，并能帮助他们提高睡眠质量，并且通过与父母的交流，满足他们心理上的依恋感和安全感。
在这个练习过程中，父母要时刻关注孩子的反应，不要强迫孩子做，如果他们有反抗的行为就要停止这个动作了，而且父母要做得非常柔和，因为孩子的这个阶段脊柱很容易弯曲，任何动作他们都需要像在摇篮里一样放松的支撑，每次的练习不要超过10~15分钟。
第二阶段，婴儿时期的亲子瑜伽
这个练习适合一岁半到三岁的婴儿，这个时期的婴儿开始能够初步地独立活动能力，并且能初步理解周围的事物，这段时期的亲子瑜伽练习应主要在于引导和训练孩子的身体运动能力，练习过程中父母可以利用实物或者玩具来激发孩子的兴趣。
适合这一时期的亲子瑜伽动作除了将乳儿时期的一些亲子瑜伽动作稍稍加大强度和速度之外，还可以增加一些简单的平衡动作、下蹲动作、抬腿及举手的伸展运动等。
这样的亲子瑜伽能有效锻炼孩子的平衡力、节奏感、空间距离、神经和肌肉协调能力和反应能力，让孩子拥有更灵活、敏捷的身手，同时能促进孩子内脏器官的发育，开发孩子的智力。同时亲子瑜伽过程中父母和孩子之间的交流能促进孩子语言能力和关注能力的发展。
第三阶段，幼儿时期的亲子瑜伽
这个练习适合三岁到八岁的儿童，这一时期的儿童，他们的天性表现出来了，想象力丰富独特、有创造性、有表现力、精力旺盛，他们勇敢、好奇并且天真、真诚，他们天性积极，动作敏捷迅速，喜欢变化和新奇的事物。这段时期的亲子瑜伽练习可以模仿游戏的方式，让亲子瑜伽成为父母和孩子共同参与的游戏，通过一定的角色扮演和故事情节来让父母和孩子来完成一个共同的任务，从而达到亲子瑜伽的目的。
这一时期的亲子瑜伽对于孩子应该是一组易于模仿的动作，可以让父母和孩子模仿孩子熟悉的动物或植物，如模仿大树的树式、模仿蝴蝶的蝶式、模仿狗的上犬式、下犬式、模仿小船的船式等等，也可加入一些简单的双人瑜伽动作，练习时可有意识地引导孩子发挥自己的想像力。
这对孩子的生长发育有很好的促进作用，并且可以增进孩子身体的协调性、灵活性和准确性，同时可以促进孩子的想象力和创造力，进一步开发孩子的智力。
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